RO及NF進水中的游離氯要降到0.05ppm以下，才能達到聚酰胺復合膜的要求。除氯的預處理方法有兩種，粒狀活性炭吸附和使用還原性藥劑如亞硫酸鈉。
 

　　在小系統( 50-100gpm)中一般采用活性碳過濾器，投資成本比較合理。推薦使用酸洗處理過的優質活性炭，去除硬度、金屬離子，細粉含量要非常低，否則會造成對膜的污染。新安裝的碳濾料一定要充分淋洗，直到碳粉被除去為止，一般要幾個小時甚至幾天。
 

　　我們不能依靠 5μm的保安過濾器來保護反滲透膜不受碳粉的污染。 碳過濾器的好處是可以除去會造成膜污染的有機物，對于所有進水的處理比添加藥劑更為可靠。 但其缺點是碳會成為微生物的飼料，在碳過濾器中孳生細菌，其結果是造成反滲透膜的生物污染。
 

　　亞硫酸氫鈉(SBS)是較大型RO裝置選用的典型還原劑。將固體偏亞硫酸氫鈉溶解在水中配制成溶液，商品偏亞硫酸氫鈉的純度為 97.5-99%，干燥儲存期6個月。SBS溶液在空氣中不穩定，會與氧氣發生反應，所以推薦2%的溶液的使用期為3-7天，10%以下的溶液使用期為7-14天。
 

　　從理論上講，1.47ppm的SBS(或 0.70ppm 偏亞硫酸氫鈉)能夠還原1.0ppm的氯。設計時考慮到工業苦咸水系統的安全系數， 設定SBS的添加量為每1.0ppm氯 1.8-3.0ppm。SBS 的注入口要在膜元件的上游，設置距離要保證在進入膜元件有 29 秒的反應時間。推薦使用適當的在線攪拌裝置(靜態攪拌器)。
 

　　SBS 脫氯反應：Na2S2O5 (偏亞硫酸鈉)+ H2O =2 NaHSO3(亞硫酸氫鈉)NaHSO3 + HOCl =NaHSO4(硫酸氫鈉)+ HCl(鹽酸)？NaHSO3 + Cl2 + H2O =NaHSO4 + 2HCl采用SBS脫氯的好處是在大系統中比碳過濾器的投資較少，反應副產物及殘余 SBS易于被RO脫除。
 

　　SBS 脫氯的缺點是需要人工混合小體積的藥劑，在脫氯系統沒有設計足夠的監測控制儀器時增加了氯對膜的威脅，而且在少數情況下進水中存在硫還原菌( SBR)，亞硫酸會成為細菌營養幫助細菌的繁殖。
 

　　SBR 通常在淺層井水厭氧環境下有發現，硫化氫(H2S)作為 SBR的代謝產物會同時存在。脫氯過程的監測可采用游離氯監測儀， 用以監測殘余亞硫酸根的濃度， 還可以采用 ORP監測儀。
 

　　推薦的方法是監測殘余亞硫酸根的濃度，以保證有足夠的亞硫酸根來還原氯。大多數商業化氯監測儀的撿出濃度為 0.1ppm，這個值是 CPA 膜的余氯上限。直接利用 ORP 監測儀監控亞硫酸根濃度的方法不夠可靠，這種測定水中氧化還原電位的儀器的基線變化難以預測。
 

　　CPA 膜的耐氯能力大概在1000-2000ppm 小時(透鹽率增加一倍)，1000ppm 小時等于在 0.038ppm 余氯下運行3年。需要注意的是， 在一些情況下發現耐氯能力會因溫度升高(90華氏度以上)、pH(7以上)升高和過渡金屬存在(比如鐵、錳、鋅、銅、鋁等)而大大下降。
 

　　CPA 膜的耐氯胺能力約為50,000-200,000ppm小時(發生透鹽率明顯增加)，這個值相當于在 RO 進水中含有 1.9-7.6ppm 的氯胺，膜可以運行3年。同樣，在溫度升高、pH降低和過渡金屬存在時，膜的耐氯胺能力會變化。
 

　　在加州的一個三級廢水處理裝置上發現，在氯胺濃度6-8ppm進水條件下，膜的脫鹽率在2-3年內從 98%降到了96%。設計者要注意在氯胺化之后進行脫氯還是必要的。氯胺是混合氯和氨的產物，游離氯對膜的降解作用要比氯胺強得多，如果氨量欠缺時會有游離氯存在。因此，使用過量的氨是非常關鍵的，系統監測要確保這一點。